Stasiun Banyuwangi Baru berada di Ketapang, Kalipuro, sebelah utara Kabupaten Banyuwangi. Stasiun ini merupakan stasiun yang berada di paling ujung timur Pulau Jawa yang berbatasan langsung dengan Selat Bali, dan hanya berjarak 100 meter dari Pelabuhan Ketapang. Dengan letaknya itu, Stasiun Banyuwangi Baru dibangun untuk memenuhi kebutuhan transportasi yang sinergi antara kereta api dengan kapal feri di penyeberangan Ketapang.